原位雜交技術自創立以來，為基因的定位和表達、基因進化、發育生物學、腫瘤學、微生物學、病理學、醫學遺傳學和遺傳分析等領域研究提供了極其寶貴的資料，發揮了其他技術難以取代的作用。但不論是使用放射性核素探針，還是非放射性探針，大部分研究工作都還限于光鏡水平。為了對檢測的靶核酸進行更精確的亞細胞定位，以及能觀察含靶核酸序列細胞的超微結構，人們便將原位雜交與電鏡技術相結合，使原位雜交從光鏡水平延伸到電鏡水平。
根據雜交反應是在組織包埋前進行、包埋后進行還是在不經包埋的細胞、染色體整體標本或冷凍超薄切片上進行，電鏡原位雜交技術大體上可分為包埋前、包埋后和不包埋三類。其中以包埋后法制片比較容易，應用較廣泛。
包埋后電鏡原位雜交的特點是雜交反應在電鏡包埋后的超薄切片上進行。這一技術能否成功的關鍵取決于電鏡包埋過程是否能把細胞中的靶核酸保留在它們原來所在的亞細胞結構上。一般認為，常規的包埋劑(疏水性樹脂)不適用于包埋后原位雜交。如環氧樹脂，需要在較高的溫度下(60~C)經48小時才能聚合，長時間的高溫包埋過程會影響組織內核酸的保留，而且樹脂的疏水性也不利于在親水條件下進行的雜交反應。包埋后原位雜交常用的包埋劑都是親水性樹脂，如Lowicryl K4M、比乙二醇甲基丙烯酸酯及LR White等。
由于銅可能與以后使用的某些試劑發生化學反應，故超薄切片應載于鎳網或金網上而不能載于銅網上。
在超薄切片上進行原位雜交的基本步驟與光鏡原位雜交類似．但雜交前一般不用蛋白酶K、去污劑或酸類處理，或用低濃度的去污劑短時間處理，但可用預雜交液減弱背景。將載網漂浮在蠟膜上的液滴上進行反應和洗滌。
包埋前法是在冷凍或振動切片上先行原位雜交，然后作電鏡包埋和超薄切片。包埋前法可與光鏡原位雜交檢測相連續．易獲得陽性結果，但超微結構損傷較嚴重，且細胞膜可阻礙探針進入靶位。
不包埋法在冷凍超薄切片上進行，但冷凍超薄切片技術要求高，費用大，尚難以普及。
根據雜交反應是在組織包埋前進行、包埋后進行還是在不經包埋的細胞、染色體整體標本或冷凍超薄切片上進行，電鏡原位雜交技術大體上可分為包埋前、包埋后和不包埋三類。其中以包埋后法制片比較容易，應用較廣泛。
包埋后電鏡原位雜交的特點是雜交反應在電鏡包埋后的超薄切片上進行。這一技術能否成功的關鍵取決于電鏡包埋過程是否能把細胞中的靶核酸保留在它們原來所在的亞細胞結構上。一般認為，常規的包埋劑(疏水性樹脂)不適用于包埋后原位雜交。如環氧樹脂，需要在較高的溫度下(60~C)經48小時才能聚合，長時間的高溫包埋過程會影響組織內核酸的保留，而且樹脂的疏水性也不利于在親水條件下進行的雜交反應。包埋后原位雜交常用的包埋劑都是親水性樹脂，如Lowicryl K4M、比乙二醇甲基丙烯酸酯及LR White等。
由于銅可能與以后使用的某些試劑發生化學反應，故超薄切片應載于鎳網或金網上而不能載于銅網上。
在超薄切片上進行原位雜交的基本步驟與光鏡原位雜交類似．但雜交前一般不用蛋白酶K、去污劑或酸類處理，或用低濃度的去污劑短時間處理，但可用預雜交液減弱背景。將載網漂浮在蠟膜上的液滴上進行反應和洗滌。
包埋前法是在冷凍或振動切片上先行原位雜交，然后作電鏡包埋和超薄切片。包埋前法可與光鏡原位雜交檢測相連續．易獲得陽性結果，但超微結構損傷較嚴重，且細胞膜可阻礙探針進入靶位。
不包埋法在冷凍超薄切片上進行，但冷凍超薄切片技術要求高，費用大，尚難以普及。
