(一)孵化器的日常衛生。
每天用吸塵器吸去孵化器內的灰塵、蛋窩墊料和碎蛋殼等雜物，清除落地的破蛋，用消毒藥(季胺、雙氧水或過氧乙酸)消毒地面。此外，還應對孵化器內環境作定期消毒，方法有兩種：
1.熏蒸消毒。現國內普遍使用，通常使用兩倍量福爾馬林，熏蒸20分鐘。采用該方法時，應注意避開24－96小時胚齡這一敏感時段。此外，由于熏蒸時可能有福爾馬林滲漏到孵化間內，因此還應注意該操作是否會影響其它孵化器內的胚蛋。
2.1％雙氧水噴霧消毒，可每天做1－2次，每次20分鐘，該方法能有效地控制霉菌的生長。
應定期用消毒藥檫拭孵化器的外表面，尤其注意孵化器的頂部。
應定期清理和消毒孵化器的進風口、風扇和內部風道。
(二)出雛器的日常衛生。
每次出雛后，應對出雛器作全面、徹底的清洗(包括機器內外，進排氣口以及排風管道、出雛盤等)，除去機內積水，開動機器，烘干機器內部(包括盤)，最后用3倍濃度福爾馬林熏蒸消毒。機器外表用中性消毒藥消毒。
對于某些有底出雛器，應經常檢查底部與機體的密封性，必要時再作密封處理，防止贓物進入底部。
二、檢查與記錄運行狀態
應每小時檢查一次孵化器和出雛器的運行狀態，每2小時記錄一次溫度、濕度、翻蛋角度和進氣口開啟狀態，對比顯示溫度與門表溫度(標準溫度計的顯示值)，及時了解溫感器的準確性。平時應注意檢查與督促夜班人員的工作；如果夜間工作失誤，值班人員又不(敢)講，那么，在一到二周后發生問題，將難以找到真正原因。
對于那些可與計算機聯網的孵化設備，建議安裝計算機和相應軟件。該系統可記錄孵化設備的運行數據，便于管理者及時發現問題。
三、溫、濕度感應器的校正
一些孵化廳的管理者習慣于不校正溫、濕度感應器，根據經驗對不同機器采用不同的設定值。對于小規模孵化廳，這一方法不易造成不良后果；而對于大規模孵化廳，管理者很難記清每臺機器的細微差別，在溫、濕度設定時不能因“臺”制宜，孵化率不理想，而且一旦設備運轉失常，也難于及時發現。因此，應對溫、濕度感應器每月校正一次。
人們習慣在孵化機中放置一個標準的溫度儀，對照溫度儀的讀數，調節孵化機的溫度校正旋鈕，以此來校正溫度感應器。但是由于孵化設備的溫度感應器和標準溫度儀的測定速度不同，孵化設備內的溫度不斷變化，因此用此方法很難校正溫度，人們常常抱怨孵化設備有問題。
校正是否成功的關鍵在于為溫度感應器和標準溫度儀提供一個恒定的溫度環境，例如落盤時的無精蛋。建議，在落盤時，取出一個無精蛋，將溫度感應器和標準溫度儀同時插入無精蛋內，待兩者溫度讀數穩定后，旋轉校正鈕，使孵化機的溫度顯示值與標準溫度儀的讀數相同。
四、保持正確的溫度場。
對于巷道式機器，兩側蛋車內的溫度具有一定的梯度，種蛋在變溫條件下孵化；對于箱式機器，機內溫度均衡。盡管人們不斷改進孵化設備的設計，但是仍難以使溫度場到達理想狀態。即使我們能獲得很好的孵化設備，但是我們總會出現一些管理錯誤，造成溫度場異常，致使出雛不齊和雛雞質量下降。這一問題不直觀，往往不為人們注意。
(一)檢查風扇
影響機內溫度場的主要因素是氣流，風扇則是氣流的主要因素，因此應把風扇當作重中之重。檢查的方法是，對于箱式機器，要檢查風扇的扇葉角度、電機皮帶輪、扇葉皮帶輪和皮帶的松緊度，防止風扇丟轉；對于巷道式機器，用風速儀測定風機的風速，保證每個風機的風速一致。此外，每次修理電機后，應先測定其轉速，如轉速合格才能安裝到孵化設備上。
(二)避免改變氣流模式。
1. 在發生高溫報警時，人們開門孵化，使顯示溫度值下降。這改變了氣流模式，使機內溫度失衡，實屬掩耳盜鈴。
2. 在巷道式孵化器，幕簾要密閉，蛋車間不能有縫隙(表1)。
表一 巷道式孵化器的幕簾密閉狀況對孵化溫度的影響
3. 在大型箱式孵化器，由于某種原因，人們在機內走道上放置新入孵的或要落盤的蛋車，影響氣流模式。
(三)不可改變種蛋入孵模式。
五、防止漏水
在國內，大多數孵化廳都存在不同程度的漏水現象，甚至有一些人為了提高濕度往機器內潑水。若機器內有積水，則有兩種不良影響，一是造成機內溫度場不均，二是造成機內環境衛生狀況的惡化。表二說明潮濕的表面易于微生物的生長。
表二 沖凈后出雛盤表面細菌檢測結果
對于箱式機器，應經常觀察是否有漏水現象。若漏水，則應檢查浮子和水盤，并及時修理。對于巷道式機器，應經常檢查噴霧頭的角度以及噴滴大小，一發現問題及時調整。
