秋冬季紫花苜蓿蟲害最易受到忽視，如能做好這個時期的病蟲害防治工作，則對殺死越冬病蟲害、減少下一個生長季的病蟲源有著重要的意義，是紫花苜蓿田重要的防治措施之一，有事半功倍的效果。
秋后滅茬許多害蟲、病菌在紫花苜蓿的地表殘茬上越冬，秋、冬季進行滅茬處理，會消滅大量的病蟲害原體，減少次年初侵染源。
放牧進行有針對性的放牧，牲畜會將大量苜蓿殘茬及雜草吃掉，也就會將害蟲、病菌吃掉、消滅、外攜。但有一些種類的害蟲蟲卵、病菌在牲畜腸胃中能夠繼續生存，隨著糞便留在田里，成為次年的病蟲害初侵染源。
機械滅茬機械耙耱將殘茬破碎、掩埋，改變殘茬對病蟲害形成的原有生存條件，達到消滅目的。此種方法處理，殘茬依然留在田間，消滅作用有限，要結合其它防治措施共同使用。
焚燒徹底有效的方式，對殘茬上的病蟲害原體殺滅率幾乎是百分之百，同時很經濟。但要注意防火，許多情況下不適用。
注意滅茬在晚秋、冬季和早春均可，根據實際情況靈活運用，不能影響苜蓿休眠前的營養累積和春季返青。
灌溉灌溉能惡化病蟲害的生活條件，抑制或殺死病蟲害原體，尤其是冬季灌溉的效果更為明顯。同時，冬季灌溉有利于苜蓿越冬和翌年返青。
農藥防治秋季收割后至次年返青生長有著相當長的一段時期，在此期間使用農藥，既能有效地殺滅各類病蟲害，又能最大限度地減少次年紫花苜蓿產品中的農藥殘留量，是一個較佳的農藥使用期，但需要注意低溫對藥效的影響和農藥對有益生物的作用。
