1、肥害。實際上是積鹽的危害，主要原因是偏施化肥或過量施肥使土壤產生鹽漬化。另外，施用未腐熟的有機肥，也是造成肥害的重要原因之一。發生肥害后，一是抑制蔬菜根系發育，削弱了對水、肥的吸收功能；二是土壤溶液濃度過大，蔬菜植株發生反滲透現象，導致生理萎蔫或葉緣枯焦；三是迸發有毒氣體危害；四是引發蔬菜缺素癥。
2、藥害。有顯著性藥害，癥狀明顯；有隱性藥害，癥狀潛伏或者延至下茬蔬菜。產生藥害的原因，一是選用農藥品種不對路，或者誤用了敏感性藥劑甚至除草劑；二是施用濃度過大，誤認為濃度高防治效果好；三是購買劣質農藥；四是沒有避開高溫時節施藥；五是沒有避開開花時段施藥。發生藥害后，有的蔬菜葉片很快失綠；有的產生焦斑穿孔；有的落葉、落花、落果或者出現畸形；最嚴重的整株枯萎。
3、旱害。制約大棚蔬菜發展的最為關鍵因素之一。發生原因：一是蔬菜大棚選址不當，當地缺乏水源；二是有水源，但水質不良；三是水量充足，溝渠排灌設施不配套，有水難引，望水興嘆；四是棚室栽培容易呈現土壤表面潮濕、耕作層干旱缺水現象，造成不缺水假象而延誤灌水。旱害既影響蔬菜適時播種出苗，又影響蔬菜正常生長，同時給蔬菜施肥、打藥等管理帶來較大的困難。旱害的影響有時超過肥害和藥害。
4、連作障礙。就是在同一大棚中，年年或季季種植同一類蔬菜，而產量和產品質量會逐年下降。產生障礙的原因，一是同類或同種蔬菜偏愛某種營養元素，這類元素補充不及時，易出現缺素癥；二是土壤病原菌的積累引發病害造成死苗，如枯萎病、黃萎病等；三是同一蔬菜根系分泌物質易導致土壤微生物菌落結構失去平衡，造成土壤老化。
二、防止措施
1、選好棚址，完善水系配套。確定大棚之前，要考察棚址是否有充足的水源，水源有沒有被污染，有了充足的水源，一定要修好溝渠，便于引水、排水。有條件的地方每座大棚要裝1個水龍頭。標準的還應配設噴灌設備。同時在生產過程中勤于檢查，防止真旱土表不旱的假象，而貽誤灌溉時機。
2、平衡施肥，促進蔬菜穩健生長。一是要常年施用充分腐熟的有機農家肥；二是要施用精制有機肥；三是要改偏施氮肥為減氮、穩磷、增鉀、配施微肥；四是要分次適量施肥。一旦出現肥害，要噴施多種活性微肥緩解肥害。
3、要科學用藥，確保蔬菜安全。一是發生輕微的藥害，可用加強肥水管理的辦法，恢復蔬菜正常生育機能；二是要選準對路農藥，注意蔬菜作物的敏感藥劑，特別是除草劑施用要慎重；三是把握住農藥施用的濃度比，同時避免重復使用一種農藥；四是切忌隨意混用農藥；五是施藥要避開高溫；六是施藥要避開蔬菜開花時間；七是施用過除草劑的器械，一定要清洗干凈后再用。
4、輪作換茬，調整蔬菜栽培環境。一是番茄、茄子、瓜類易感病蔬菜，要分年或分季更換種植其它蔬菜品種；二是選用土壤重茬劑抑制病菌；三是針對缺素土壤及時補充所缺養分；四是發生連作障礙的大棚，首先要增施有機肥或種植綠肥改良土壤，其次要實行嫁接栽培（如茄果類、瓜類），再次是采用藥劑消毒，如甲醛、溴甲烷等的土壤消毒。另外，可利用夏季高溫對土壤進行消毒。可將深層土壤翻至土表，用200-250千克碎秸稈拌入5千克高溫菌和3-4千克炭灰覆蓋地表，再加蓋農膜讓陽光暴曬15-20天，可消滅病蟲卵和土壤根結線蟲。
