空間消毒 應在播種或定植前7天-10天進行。每立方米用硫磺4克、鋸末8克混合均勻，放在容器內燃燒，時間宜在晚7點鐘進行，熏煙密閉24小時。也可以按每立方米用25％百菌清1克，鋸木8克混勻，點燃熏煙消毒。
設施消毒 棚架、設備、工具等消毒用1:50-1:100的福爾馬林水溶液洗刷或者噴灑均可。
土壤消毒 應根據大棚土壤的病蟲害種類選用農藥，在定植前10天-15天進行。枯萎病發生嚴重的大棚、可在畦面或溝面噴澆100倍-200倍福爾馬林液，然后用薄膜覆蓋5天，半月后藥劑全部揮發完畢，即可播種和定植。其他病害可用50％多菌靈、50％托布津或70％敵克松1000倍液噴灑，或制成毒土撒布后翻入土中。有地下害蟲的大棚，可以在土壤處理時加一定數量的殺蟲劑。
溝（塘）消毒 枯萎病重的地塊，在定植完以前進行土壤消毒或者消毒質量不好的，還可以在定植溝（塘）內，每畝用50％托布津1.25千克或50％多菌靈0.75千克或70％五氯硝基苯1千克左右進行消毒。以上藥劑要先按藥粉1份和細干土100份摻拌混合均勻，然后撒在定植溝（塘）內。
