土壤有機質在果樹優質高效生產中具有重要作用。有機質含量高是優質果園的重要標志之一，豐產穩產果園的土壤有機質含量應在2％以上。據調查，西北地區果園土壤有機質平均含量為0.85％，有機質缺乏是影響果樹高產、穩產、優質的主要因素，必須引起高度重視。
土壤有機質的作用
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提供果樹所需養分
土壤有機質含有氮、磷、鉀等果樹所需各種營養元素。隨著有機質的礦質化，這些營養元素都成為礦質鹽類（如銨鹽、硫酸鹽、磷酸鹽等），以一定速率不斷釋放，供果樹和微生物利用。此外，土壤有機質在分解過程中還產生多種有機酸（包括腐殖質本身），對土壤礦質部分有一定的溶解能力，促進礦質風化，有利于某些養分的有效化；另一方面，土壤有機質還能絡合一些多價金屬離子，使之在土壤溶液中不致沉淀而增加了營養成分的有效性。
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增強土壤保水保肥能力
有機質分解產生的腐殖質疏松多孔，又是親水膠體，能吸附大量水分。據測定：腐殖質的吸水率為500％~600％，而黏粒的吸水率為50％~60％，腐殖質的吸水率是黏粒的10倍左右，能大大提高土壤的保水能力。
腐殖質帶有正、負兩種電荷，可以吸附陰、陽離子，又因其所帶電荷以負電荷為主，所以它吸附的主要是陽離子。其中作為養料的主要有K+、NH4+、Ca2+、Mg2+等。這些離子一旦被吸附，就可避免隨水流失，而且能隨時被根系附近的H+或其他陽離子交換出來，供果樹吸收利用，仍不失其有效性。
腐殖質保存陽離子養分的能力，要比礦質膠體大幾倍甚至幾十倍。因此，在保肥力很差的果園土壤中增施腐殖質有機肥后，不僅增加了土壤中的養分含量，而且改良了果園土壤的物理性狀，還提高了其保肥能力。腐殖質是一種含有許多功能團的弱酸，所以在提高果園土壤腐殖質含量后，還能提高土壤對酸堿度變化的緩沖性能。
華圣延安三農公司蘋果基地連續使用腐植酸有機肥后，普遍表現土壤蓄水保墑、抗寒抗旱能力增強，不落葉、冒條少，果個大、著色好，樹勢健壯，成花好，省去了環割等環節。
3
促進土壤團粒結構形成
有機質分解產生的腐殖質在土壤中主要以膠膜形式被包在礦質土粒的外表，黏結力比沙粒強，施于果園后能增加土壤的粘著性，促進團粒結構形成。另一方面，由于它松軟、絮狀、多孔，而黏結力又不如黏土粒強，所以黏土粒被它包被后易形成散碎的團粒，使土壤變得松軟，不再結成硬塊。這說明，有機質能使沙土變緊，黏土變松，改善土壤的透水性、蓄水性以及通氣性。對果農來講，土壤耕性好則耕翻省力，適耕期長，耕作質量也會相應提高。
4
提高土壤吸熱性能
腐殖質是一種暗褐色物質，它的存在能明顯加深土壤顏色。深色土壤吸熱升溫快，在同樣的日照條件下，其土溫相對較高，從而有利于果樹春發速長。
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消除土壤農藥殘毒和重金屬污染
有數據表明，DDT在0.5％褐腐酸鈉水溶液中的溶解度比在水中至少大20倍，這就使DDT容易從土壤中排出；又如腐植酸能和某些金屬離子絡合，由于絡合物的水溶性而使有毒的金屬離子有可能隨水排出土體，減少對土壤的污染和對果樹的危害。
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其他方面的作用
土壤有機質含碳豐富，是微生物所需能量的來源，但因其礦化率低，不像新鮮植物殘體那樣會對微生物產生迅猛的“激發效應”（指由于加入了有機質而使土壤原有有機質的礦化速率加快或變慢的效應），而是持久穩定地向微生物提供能源，所以含有機質多的土壤，肥力平穩而持久，不易產生作物猛發或脫肥等現象。
腐殖質在一定濃度下能促進微生物和植物的生理活性。腐殖質能改變果樹體內糖類代謝，促進還原糖積累，提高細胞滲透壓，從而提高果樹抗旱性；腐殖質能提高酶活性，而酶作為生物催化劑，能通過降低反應的活化能而加快反應速度，促使果樹吸收更多的有效養分，從而增加生長速度；腐殖質能加強果樹的呼吸作用，增強細胞膜透性，從而提高樹體對養分的吸收能力并加速細胞分裂，促進根系發育。
增加果園土壤有機質的途徑
因地制宜地廣開肥源，增施有機肥、腐植酸肥是提高果園肥力的重要措施，也是實現果實優質、高產、高效的重要條件。
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大量施入腐熟的豬、雞、牲畜糞便和人糞尿，以及沼渣、漚肥、堆肥、作物秸稈、雜草等，秋季翻入深30~40 厘米土層中，讓其分解產生腐殖質。
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果園中自然生長的雜草一般不需要旋翻，只需在離地面20 厘米處刈割，覆蓋地面，把生長點破壞后，根系就會萎蔫，下雨后雨水可以順根下滲，再長時根系封住地縫，保住地下水分，等草高過20 厘米再割，反復割草不旋草既保墑又能增加有機質。洛川縣舊縣阿吾村果農屈某，3年來堅持割草不旋草，其果園土壤有機質含量提高到1.05％，比原來高出50％以上。近幾年他還嫌草不旺，每年春季給草施兩袋尿素（調節碳氮比，以滿足微生物分解有機物對氮素的要求，避免造成土壤短期脫氮）增加草量，深蓋樹盤，其果園土壤含水量能穩定至13.5％～18.9％，土壤容重由原來的每立方厘米1.4 克降低到1.28克，增產23.8％，效果顯著。
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幼樹行間種綠肥。綠肥也是果園用以補給土壤有機質的一種重要肥源，分解較快，形成腐殖質也較迅速，開春后及時翻壓即可。洛川縣舊縣鎮有的果農種油菜早春翻壓，增加有機質效果也很明顯。
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有條件的可建設草-豬-沼-果生態果園，即用草喂豬，豬糞進沼氣池，沼氣池的沼渣沼液直接進果園，促進生態循環。
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在果園土壤管理上普遍采用覆蓋免耕制，改變行間小氣候。經調查，連續3年樹盤蓋草0～20 厘米的土層，土壤有機質含量可達到1.15％，比清耕園提高0.38個百分點。土壤含水量一直穩定在13.9％~19.2％，土壤容重由原來的每立方厘米1.43克降低到1.25克，增產24.2％。
